硫自養反硝化技術是以硫化鈉(Na2S) 、和硫代硫酸鈉(Na2S2O3) 單質硫(S0)等還原態硫源為電子供體， CO32-、HCO3-、CO2作為無機碳源，在缺氧環境下將NO3--N還原為N2的一種新型的自養反硝化技術。

1、硫氮比（S/N）

硫自養反硝化與傳統的異養反硝化具有相同的脫氮路徑，與C/N比類似，初始的S/N對反應也起著十分重要的作用。S/N過低容易導致反應不完全，S/N過高不僅會導致成本的增加，還有使硝酸鹽異化還原成銨的可能。有研究指出硫自養反硝化過程的佳S/N為5:3；佳S/N為5:2。也有其他研究提出S/N為1.3時較好的觀點，但這都是以S2-為電子供體得出的結論，對其他種類電子供體的佳S/N研究較少。

2、溫度

溫度對于硫自養反硝化過程是一個重要的環境因素，對細菌的生長和反硝化的速率有明顯的影響。有研究提出脫氮硫桿菌適的生長溫度為29.5 ℃，適的反硝化溫度為32.8 ℃；試驗發現溫度在30 ℃~35 ℃條件下有高的硝酸鹽去除率；脫氮硫桿菌在28 ℃~32 ℃范圍內活性較好；篩選出的菌種在20.0 ℃~35.0 ℃范圍內有較好的效果。由此可知，硫自養反硝化的適溫度在30 ℃左右。

3、pH

硫自養反硝化反應多為產酸反應，反應過程中pH變化較大，而微生物的適宜pH區間較小，pH的變化會對系統的脫氮效率產生較大的影響。研究發現脫氮硫桿菌生長的適pH為6.8~7.0，S/石灰石濾柱在pH=7.0時系統有大的TN去除率，研究發現在pH小于6.7時，系統的比反硝化速率會快速下降。因此，硫自養反硝化的適pH值約為7.0。